SeqBench 是什么？
SeqBench 是一个完全运行在浏览器内的序列工作台，专为分子克隆、CRISPR 设计和引物设计打造。用户可以直接在网页中粘贴、编辑 DNA 序列，所有注释特征会随编辑实时更新，即使跨越环状质粒的起点也如此。它集成了限制性酶切、虚拟凝胶电泳、自动注释、多文档标签页以及 GenBank/SnapGene 的导入导出功能，所有计算都在本地浏览器中完成，无需上传数据到服务器。
除了核心的序列编辑器 SeqStudio，SeqBench 还提供超过 30 个独立工具，覆盖序列操作、分析设计、蛋白质与肽段处理、比对与可视化等全流程。用户可以通过 SeqBench-GPT 用自然语言完成多步克隆和 CRISPR 设计，也可以通过 MCP 服务器和 API 将工具集成到自己的工作流中。
适用场景
- 克隆方案模拟组装片段并为 Gibson、Golden Gate 或限制性克隆设计连接引物。
- CRISPR 向导设计为 Prime Editing、Base Editing 以及常规 CRISPR 设计 pegRNA、gRNA 和 nicking 向导。
- 引物批量设计设计 KASP/ARMS SNP 分型引物、siRNA/shRNA/ASO 敲低试剂，以及 PCR 板布局。
- 序列批量处理对多 FASTA 文件中的每条记录执行同一操作，并导出为 CSV/TSV 表格。
- 序列格式转换与获取在 FASTA、GenBank 和制表符分隔格式之间转换，或通过 GenBank/RefSeq/UniProt 登录号直接获取序列。
- 变异分析与注释比对 Sanger 测序读段与参考序列，查看 .ab1 色谱图，或通过 rsID、HGVS 查询 ClinVar、gnomAD 等数据库。
- 蛋白质分析计算分子量、等电点、消光系数，进行蛋白酶切和结构域注释，并查看 AlphaFold 3D 结构。
核心功能
- SeqStudio 序列编辑器在浏览器中直接键入或粘贴 DNA，实时编辑并自动重映射注释特征，支持环状质粒、撤销/重做、多文档标签页。
- 限制性酶切与虚拟凝胶对序列进行限制性酶切模拟，并生成虚拟凝胶电泳结果。
- 克隆模拟器组装片段并为 Gibson、Golden Gate 或限制性克隆设计连接引物。
- 批量处理器对多 FASTA 中的每条记录应用同一操作，并导出为 CSV/TSV 表格。
- Prime Editing Studio为任何替换、插入、缺失或小片段替换设计 SpCas9 pegRNA，包括 PBS 扫描、RTT 和 3′ 延伸，以及 twinPE 双 pegRNA 设计。
- Base Editing Designer找到 CBE（C→T）或 ABE（A→G）碱基编辑的 gRNA，将目标碱基置于编辑器的活性窗口内，并显示旁观者突变和氨基酸后果。
- Gene Explorer搜索一个基因，获取其外显子/CDS 结构、可药性/疾病/药物/试验/论文档案，以及 GTEx + Human Protein Atlas 表达指纹。
- 功能富集分析对基因列表进行 GO 术语和 Reactome 通路富集测试，提供超几何 p 值和 BH-FDR 校正。
- Sanger 测序比对与验证将 Sanger 读段与参考序列比对，生成通过/需复查的验证报告。
- 变异注释通过 rsID、chrom:pos:ref:alt 或 HGVS 查询变异，获取 ClinVar 意义、gnomAD 等位基因频率和 CADD/SIFT/PolyPhen2/REVEL 评分。
目标用户
分子生物学研究人员、合成生物学工程师、CRISPR 实验人员、引物设计人员以及任何需要在浏览器中完成序列分析、克隆方案设计和变异注释的实验室团队。工具面向研究用途，适合从本科生到资深 PI 的各类用户。
如何使用 SeqBench？
直接打开浏览器访问 SeqBench 网站即可开始使用。用户可以粘贴或键入序列进入 SeqStudio 进行编辑，也可以从工具列表中选择所需的独立工具（如克隆模拟器、Prime Editing Studio、Sanger 比对等）。对于多步设计，可以打开 SeqBench-GPT 用自然语言描述需求，或使用 MCP 服务器和 API 将工具集成到现有工作流中。所有操作都在浏览器本地完成，无需注册或上传数据。详细步骤可参考官网的 step-by-step 指南和参考表。
效果点评
SeqBench 将克隆、CRISPR 和引物设计所需的数十种工具整合到一个浏览器工作台中，免去了在多个软件间切换的麻烦。所有计算在本地完成，不依赖服务器，既保护数据隐私又保证了响应速度。SeqStudio 的实时注释重映射功能在编辑环状质粒时尤其实用，能直观看到编辑对注释的影响。工具覆盖面广，从基础的序列格式化到高级的 Prime Editing 和 Base Editing 设计都有对应工具。对于需要批量处理多 FASTA 文件的用户，Batch Processor 和 Batch Workflow 能显著提升效率。整体而言，这是一个功能全面、使用门槛低的序列工作台，适合日常分子生物学和基因组学工作。
